22 mar. 2012

Phylo: una manera de alinear secuencias jugando.

Actualmente me encuentro inmersa en la confección de un trabajo/proyecto que me roba las horas del día. Estoy haciendo alineamientos de secuencias, buscando información en bases de datos, y todo eso que se supone que se hace para llegar a alguna conclusión.

Hay veces que me atoro, y recurro a la red para repasar los conocimientos ya medio olvidados, y de vez en cuando, me pierdo y encuentro cosas como ésta, en el blog "A ciencia cierta". Si leéis su entrada, veréis que Phylo es un juego flash que sirve para "utilizar a humanos" en el alineamiento de secuencias.


A continuación os dejo el vídeo del tutorial, en inglés:

Interesante aunque un poco rollo. Es mejor realizar el tutorial de juego directamente, ésta es la primera captura de pantalla:

El diseño de la página es bonito. Me gustan los colores, y la verdad es que la idea, además de original y educativa, también tiene una función. Para quien no lo sepa, los alineamientos de secuencias tienen un coste computacional casi infinito (bueno, a lo mejor no tanto, pero es que soy muy exagerada). Así que de ésta manera, se consigue realizar algunos alineamientos pasando un rato de ocio que revertirá en algo útil para la sociedad (ahorrarnos el coste en tiempo y dinero que tendríamos que llevar a cabo si lo hiciéramos sólo computacionalmente).

Los alineamientos, son de secuencias de ADN, pues como se ve en las imágenes, sólo hay cuatro cuadrados diferentes de colores (cada uno para un nucleótido, recordemos que eran Adenina, Timina, Citosina y Guanina), y el propio juego tiene su forma de calcular estadísticas y mejores alineamientos y emparejamientos, de forma que el jugador no tiene por qué calcular mentalmente si lo está haciendo bien o no. También si tienes una secuencia larga (supongo que para los niveles más difíciles es donde será más útil) puedes volver a la última secuencia "mejor alineada" con mejor puntuación.

Las piezas sólo se pueden mover de lado a lado. Se pueden mover en bloque (varias a la vez). Se pueden dejar espacios entre unas y otras, pero normalmente los espacios tienen penalización. También aquellas piezas que no coincidan, tiene penalización, pero la finalidad del juego es hacer que las dos (o más ristras) de piezas de colores, coincidan en el mismo color en posiciones determinadas (cuanto más coincida, mucho mejor).

Si queréis más información sobre el juego, siempre se puede consultar la querida wikipedia, de donde cito que el juego fue liberado en noviembre del año 2010, y que en los puzzles, se pretende asociar fragmentos concretos del genoma humano con enfermedades que padecemos. Aunque los alineamientos, también sean hechos con especies más lejanas.

Si saco algún ratito, me pondré a jugar a ver qué tal se me da. Espero que os guste y os sirva de ayuda. De todos modos, sólo con saber cómo va el juego, se aprende bastante de bioinformática, estadística, y genética ;)